党政办公室
负责党务、政务的日常工作；负责精神文明建设、综合治理及工青妇工作；负责人事、外事工作；负责中心文电档案、机要保密、安全保卫、物资后勤等日常运转工作和综合协调；承担信息、信访、议案、建议、提案政务信息公开等工作；贯彻执行国家及自治区卫生健康委员会有关卫生统计和信息化工作的方针、政策、规划和标准；承担信息化系统的建设、维护和管理等。

纪检监察室
遵照《党章》的规定，维护党的章程和其他党内法规，检查党的路线、方针、政策和决议的执行情况，协助党委抓好党风廉政建设和反腐败工作；受理对党组织和党员的请求、控告和申诉；检查和处理违纪案件；开展党性党风党纪教育，保护党员的民主权利。对自治区卫生健康委员会党组、中心党委决议、决定等工作的执行情况进行督办和检查；负责中心安全生产相关工作。

财务科
执行《会计法》和《会计准则》。负责中心财务重大决策、规章制度的制定并组织实施；负责中心各类项目经费的管理使用和监督工作；掌握和监督固定资产的增减变动；承担中心预决算、财务、国有资产管理和内部审计工作；负责对医学学术团体的财务管理进行监督、指导；接受上级部门对财务执行情况的监督与审计。

医疗机构管理指导科
根据自治区卫生健康委总体工作部署及相关部门委托，结合公立医院改革，承担并组织开展医疗机构等级医院评审评价、公立医院绩效考核、DRGs绩效分析、“改善医疗服务行动计划”第三方评估等工作，对医疗机构相关运行提供相应的技术指导和咨询服务，促进医疗机构科学健康发展。负责自治区乙类医用设备购置准入评审。承担自治区卫生健康委及相关部门委托的其他工作。

学会管理科
承担医学学术团体服务与管理；承担国内外医学学术交流与合作工作；负责国家级、自治区级继续医学教育项目的组织申报和评审工作；负责医学科技奖励工作;组织医学科普知识宣传及义务咨询活动；负责《新疆医学》期刊出版的相关工作等。

医学考试中心
承担全国医师资格考试、护士执业资格考试,卫生专业技术资格（初中级）考试及自治区高级卫生专业技术资格考试；负责全国医用设备使用人员业务能力考评、全区医护人员定期考核以及医师资格考试合格考生信息修改、补录工作、医师资格考试维吾尔医、哈萨克医类别及高级卫生专业技术资格考试部分专业命题、组卷等工作。

医学鉴定管理指导科（自治区医疗技术鉴定办公室）
承担自治区及各地州市医疗事故技术鉴定、预防接种异常反应鉴定等涉及医学专业鉴定工作的指导监督和管理工作；定期对自治区及各地州市鉴定专家和鉴定工作人员进行专业知识培训;负责医学鉴定方面的来信、来访接待处置工作；负责对各医疗机构进行医疗纠纷处置与防范的培训；组织开展医学专业咨询、医疗安全评估及医疗风险防范指导等工作。

医药卫生体制改革办公室
贯彻落实国家深化医药卫生体制改革重大方针、政策；研究提出自治区深化医药卫生体制改革政策、措施的建议；承办自治区深化医药卫生体制改革领导小组具体工作；承担组织推进公立医院改革相关工作；负责建立健全自治区医改领导小组成员单位“三医联动”工作机制；负责自治区医改监测的组织协调和医改信息通报等工作。